今更WindowsXPかよ！
的な話題ですが、WindowsXPでスタートアップフォルダにショートカットを登録しても起動時に読み込まれなくなってしまった場合の対処方法を。

そもそも%USERPROFILE%\スタート メニュー\プログラムへ登録する。という前提はどこから来ているのかというとレジストリに登録されているフォルダで決まる。
ここが何らかの要因で書き換えられてしまうと、このフォルダにアイテムを追加しても、削除して再登録しても無駄。ということになる。
なので、このレジストリを修正してやればいい。

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders

このフォルダがない場合、または以下のフォルダもある場合はこちらも両方書き換える

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders

各フォルダ内のStartupのアイテムのデータ(値)が、%appdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Startupになっている場合は

C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\スタート メニュー\プログラム\スタートアップ

または

%USERPROFILE%\スタート メニュー\プログラム\スタートアップ

と書き換える。どちらも意味は同じだが前者は環境変数を使わない位置指定なので、心配なら前者の記述方法だけでいい。
書き換えたら再起動してみる。