タイトルの通りなんだけど、詰まったのでメモ。

TiddlyWiki5 (Ver.5.1.11)では、初期設定のmarkdown記法ではテーブルの表現ができない。
これを解決するには隠しファイルのコンフィグ設定を変更する必要がある。

markdowndemo — a demo of the Markdown plugin for TiddlyWiki5によると、$:/config/markdown/dialectを開いてGruberをMarukuに書き換えればいいことが分かる。

サイドバーのメニューのタブから、More > Shadows > $:/config/markdown/dialect と辿る。ページ内検索(Ctrl+F)をすれば見つけ易い。
日本語の場合は 詳しく > 隠し > $:/config/markdown/dialect となる。
アドレスバーから直接移動する場合は(TiddlyWiki5のファイル名。デフォルトではempty).htmlの後に#$:/config/markdown/dialectでいけそうだが、自分の場合は最初に表示するページを固定してあるからか表示できなかった。

出てきたtiddlr(記事)の中身をGruberからMarukuに書き換えて保存し、ページを再読み込み(F5)すれば設定が反映される。

参考にしたページ

• markdown.js does not render tables on 5.0.14-beta · Issue #743 · Jermolene/TiddlyWiki5 · GitHub
• markdowndemo — a demo of the Markdown plugin for TiddlyWiki5